Говоря о причинах своего освобождении, Трепашкин заявил, что его дело находилось "под контролем правозащитных организаций и Европейского суда по правам человека. Это тоже внесло тот вклад, что я был условно-досрочно освобожден. В противном случае я бы, наверное, сидел до самого звонка".
Бывший сотрудник ФСБ "глубоко убежден", что уголовное дело было сфабриковано с целью, не допустить его к независимому расследованию взрывов домов в Москве в сентябре 1999 года и теракта в "Норд-Осте" в октябре 2002 года. Трепашкин обвинил в фабрикации его дела главу ФСБ России Николая Патрушева, назвав его человеком, "который не способен обеспечить безопасность граждан нашего государства". По словам Трепашкина, после взрывов 1999 года, он собирался обнародовать материалы, которые для Патрушева были "как красная тряпка для быка". По словам Трепашкина он "передал так называемую справку по делу оперативного розыска "Братаны", подчеркнув, что лица, которые проходили по делу "Братаны" были связаны с преступной чеченской группировкой, причастной к терактам в 1999 и 2002 годах в Москве.
В свою очередь, правозащитники, которые поддерживали Трепашкина во время пребывания под стражей, назвали его политическим заключенным, арестованным по сфабрикованному делу. Экс - полковник должен был представлять в Мосгорсуде интересы сестер Морозовых, пострадавших при взрыве на улице Гурьянова в Москве 13 сентября 1999 года. Он был арестован за 9 дней до начала процесса. За несколько дней до ареста Трепашкин дал интервью создателям фильма о ходе процесса.
После освобождения Трепашкин заявил о своем намерении продолжить адвокатскую и правозащитную деятельность. Он возглавил созданный им Комитет защиты прав адвокатов при движении "За права человека". "После того, что я увидел в тюрьмах, когда в камере на 8 человек содержится более 20, когда сидит 30 процентов абсолютно невиновных людей, а остальные 70 вполне могли бы получить наказание не связанное с лишением свободы, когда над людьми издеваются, как хотят, все кому не лень - я просто не могу остаться в стороне", - подчеркнул он.
1 сентября суд Нижнего Тагила условно-досрочно освободил бывшего сотрудника ФСБ Михаила Трепашкина, осужденного за разглашение государственной тайны. Экс-полковник находился под стражей с 1 декабря 2003 года. Московский окружной военный суд приговорил Трепашкина к четырем годам в колонии-поселении. Бывший офицер был признан виновным по статье 283 Уголовного кодекса России - разглашение государственной тайны без признаков государственной измены и ч.1 ст. 222 Уголовного кодекса России - незаконном хранении боеприпасов. Однако позже Мосгорсуд отменил приговор и прекратил дело по обвинению в незаконном хранении боеприпасов, оставив в силе приговор о разглашении государственной тайны. Все это время Трепашкин содержался в СИЗО и позже был этапирован к месту отбывания наказания.
