По версии ФСБ, поддержанной судом, он, "неоднократно публично выступая перед верующими мусульманами Мусульманской религиозной организации "Фаляк" с 2005 по май 2007 года и в мечети города Аши Челябинской области в 2005-2006 годах, осуществлял пропаганду исключительности и превосходства ваххабизма и его приверженцев над другими течениями ислама, другими религиями, оправдывал положения ваххабизма, направленные на физическое насилие в отношении противников этого учения, возбуждая между верующими религиозную и национальную рознь, связанную с насилием".
В качестве доказательств распространения "экстремистских" идей был предъявлен эпизод с передачей одного СD-диска с текстом книги Мухаммада ибн Сулейман ат-Тамими "Книгу Единобожие", признанной решением суда экстремистской литературой еще в 2004 году.
Напомним, что Саид Байбурин, имам мечети "Фаляк" Уфы 15 мая был остановлен сотрудником ГИБДД на улице и под предлогом проверки номеров двигателя и кузова принадлежавшей ему автомашины "Москвич 412" доставлен в Орджоникидзевское РОВД. В результате проведенного группой лиц обыска были предъявлены якобы найденные в автомобиле 400 грамм тротила, детонатор и героин. Свою вину Саид Байбурин не признал и считает произошедшее провокацией. В дальнейшем, следствие было вынуждено снять обвинения в хранении оружия и наркотиков, но обвинило Саида Байбурина в призывах к экстремистской деятельности.
Сторонники арестованного имама неоднократно проводили на главной площади Уфы митинги с требованием прекратить преследования священника. Жена задержанного имама Флюра Байбурина одной из причин заключения ее мужа называет "желание органов отчитаться перед высоким начальством о большой работе по предотвращению терроризма". При подготовке масштабного празднования 450-летия присоединения Башкортостана к России, на которое прибывал и сам президент России Владимир Путин, федеральный бюджет, по информации жены имама, выделил большие средства на обеспечение безопасности. "Так как в Башкирии нет и не было радикалов и экстремистов, готовых на теракт, нужно было придумать этот миф", - считает Байбурина.
Некоторые эксперты высказывали версии о том, что арест популярного в народе имама Саида Байбурина может быть связан с внутренней борьбой за влияние в Центральном духовном управлении мусульман России, чей центральный офис располагается в Уфе. Одна из местных газет утверждает, что незадолго до своего ареста он подготавливал отстранение от должности главного муфтия Башкириии Нурмухамата Нигматуллина. Напомним также, что 3 апреля сотрудники МВД и ФСБ провели в городах Уфа, Салават, Сибай, Баймак и в поселке Зирган Мелеузовского района Башкирии 22 обыска по ряду адресов. Возбуждено четыре уголовных дела по ч.1 и ч.2 ст. 282.2 УК РФ (организация и участие в деятельности общественного или религиозного объединения либо иной организации, в отношении которых судом принято вступившее в законную силу решение о ликвидации или запрете деятельности в связи с осуществлением экстремистской деятельности). И хотя, вопреки заявлениям ряда СМИ ни оружия ни наркотиков обнаружено не было, Кировский районный суд Уфы вынес постановление об избрании меры пресечения в виде содержания под стражей шестерым гражданам России, проживающим в регионе.
